Temporada 1

Kurt Wagner / Nightcrawler se adapta a su nuevo hogar en el Instituto Xavier, al principio se muestra algo tímido con los otros mutantes ya que se avergonzaba de su aspecto físico.

Kitty Pryde, nativa de Nueva York, comienza a exhibir la capacidad mutante de pasar a través de objetos sólidos. Charles Xavier y Jean Grey intentan convencerla para tratar de lograr que entre en su instituto ya que es una mutante.

Rogue es una mutante que tiene la capacidad de absorber los poderes de los demás mutantes. En una fiesta accidentalmente toca a un muchacho y absorbe sus recuerdos y habilidades. Los X-Men van a Caldecott Country, Mississippi, para que se una a ellos.

Fred Dukes / La Mole, un ex-animador de secundaria de Texas, es inscrito por Mystique en la Secundaria Bayville, pero su temperamento le impide tener amigos. Un día, en la escuela, Jean Grey se ofrece a ayudarle a encontrar su próxima clase, pero las cosas toman un giro cuando Fred se enamora de ella y más tarde la descubre con Scott Summers / Cíclope.

Evan Daniels / Spyke, sobrino de Tormenta, es un mutante con la capacidad de proyectar deshuesadas espinas, parecidas a las de un erizo. A pesar de conocer sus facultades, Evan se niega a unirse a los X-Men.

Kurt con su comportamiento infantil y bromista hace que Scott se enfade con él y acaban discutiendo. Más tarde, Kurt, disgustado, activa accidentalmente un dispositivo que lo traslada a una dimensión paralela.

Cíclope y Jean Grey preparan una excursión para el club de geología, pero Mystique tiene otros planes en mente.

Para subir su calificación, Spyke decide hacer un documental sobre su vida. Sin embargo, su proyecto se ve turbado cuando Dientes de Sable utiliza la cámara de vídeo para averiguar donde está el Instituto Xavier con el fin de perseguir a Wolverine.

Los X-Men y La Hermandad luchan entre sí en un campamento de verano, aunque deban cooperar juntos para conseguir sus objetivos. Mientras tanto Mystique libera a Juggernaut y este pelea contra Xavier.

Rogue tiene pesadillas sobre el pasado de Kurt. Anteriormente, Rogue había absorbido los recuerdos y poderes de Mystique, permitiéndole descubrir que Nightcrawler es su hijo.

Los orígenes de Wolverine vuelven a acosarlo y torturarlo. Entonces, él decide entrar en la frontera Canadiense, para encontrar las instalaciones de Arma X (Weapon X). En esta ocasión no solo se enfrenta a su rival, Dientes de Sable, sino también al científico que le proporcionó su esqueleto de adamantium.

Jean Grey es atacada por Sapo y luego secuestrada por Magneto. Scott, se reúne con su hermano Alex, que se ven obligados a luchar contra La Hermandad de Magneto.

Magneto, organiza múltiples batallas para obtener mutantes que son "dignos" de unirse a él en el Asteroide M. Los "ganadores" que vencieron a los de su bando son secuestrados por la fuerza y llevados a una máquina para incrementar sus poderes mutantes al máximo.