Temporada 1

Hace mucho tiempo, el país era conocido como la tierra de los samuráis. Los cielos de Edo que contemplaban los samuráis, ahora están ocupados por las naves de los Amanto, extrarrestres que invadieron la Tierra y se alzaron con el poder, y decidieron prohibir a los samuráis. En esta ciudad, el antiguo samurái Gintoki Sakata tiene un negocio en el que hace cualquier cosa. Un día recibe un pedido de Katoken, quien le pide que consiga un montón de dinero pera recuperar algo que ha perdido.

Gintoki logra escapar del ataque de Shishimura. Luego de reunirse con Kagura y los demás, descubrie que su cliente, Katoken, abandonó su entrenamiento. Luego de ir a buscarlo, entre copas Katoken le confiesa a Gintoki cuál es su verdadero problema.

En su lecho de muerte, el padre de Shinpachi le confía a é y a su hermana que protejan el dojo. Con ese objetivo, Shinpachi trabaja en empleos a los que no está acostumbrado. Hasta que un día, después de ser ridiculizado por los Amanto, conooce a Gintoki, el jefe de Yorozuya.

Gintoki se ha olvidado de comprar la Shounen Jump, ya que salió un poco antes, así que en su cruzada por conseguirla, sin querer conoce a Kagura, una joven extraterrestre del clan Yato que trabaja para unos mafiosos.

Los Yorozuya se topan con un cartero que tuvo un accidente, y les pide que lleven un paquete hasta una embajada de los Amanto. Al llegar ahí, el paquete explota pero son salvados por un viejo amigo de Gintoki, Katsura miembro de los Joishishi, una facción rebelde que quiere expulsar a los Amanto.

Al salir del cuartel de policía, los Yorozuya encuentran a un prófugo que escapó de la prisión para cumplir con una vieja promesa.

Un oficial del gobierno le encarga a los Yorozuya que encuentren a una mascota perdida, propiedad de un príncipe de los Amanto.

Los Shinsengumi tienen un programa especial donde se muestran todas sus actividades, mientras que su Comandante se enamora de Otae.

Los miembros del Shinsengumi se enteran de la derrota de su Comandante y salen a las calles a buscar a Gin para cobrar venganza.

Al regresar a casa, Kagura encuentra a un perro enorme, y pretende quedárselo a pesar de la negativa de Gin.

Mientras Shinpachi está en el hospital, los Yorozuya reciben el pedido de un anciano moribundo, quien desea encontrar a una chica de una tienda de dangos de hace 50 años.

Llega una nueva empleada al bar de Otose, Catherine. Por otro lado, hay una serie de robos sin resolver en la zona.

Investigando la desaparición de una chica, los Yorozuya encuentran una red de narcotráfico a nivel espacial.

Luego del episodio con las drogas, los Shinsengumi deben proteger a un miembro del gobierno que forma parte de los Amanto y por otro lado Kagura encuentra una nueva amiga.

Katsura llega con una nueva mascota que recibió del espacio y mientras tanto Gin inscribe a Sadaharu en un concurso de mascotas.

Luego de ser despedido por el incidente con el príncipe Hata, Hasegawa no logra levantar cabeza y es llamado despectivamente "Madao" por todo el que se relaciona con él

Se conmemoran 20 años de la llegada de los Amanto, y un anciano que fabrica robots y perdió a su hijo en la guerra, es el encargado de fabricar los robots para la celebración.

Otae está muy enojada porque un ladrón le robó sus bragas. Los Yorozuya se unen a los Shinsengumi para intentar atrapar al pervertido ladrón.

Hasegawa y Gin sufren un verano lleno de pobreza hasta que escuchan un rumor sobre una recompensa por capturar a un monstruo de mar y van a buscarla.

Los miembros del Shinsengumi ven al fantasma de una mujer con kimono rojo, y los Yorozuya intentarán ganarse el pan exorcizándola.

Los Yorozuya van de pesca a un estanque, donde encuentran una criatura legendaria, un kappa, quien lucha para mantener una promesa que hizo hace mucho tiempo. Más tarde, Gintoki pasa todo tipo de dificultades para comprar un ventilador.

Una chica ninja aparece repentinamente en la cama de Gin. De acuerdo a sus dichos, Gin y ella hicieron algo durante la noche anterior y ahora deben casarse. Gin decide seguirle el juego y pronto se enterará del verdadero motivo detrás de las acciones de esta kunoichi.

Kagura gana un viaje por el espacio para tres personas. Cuando suben a la nave, un grupo rebelde decide secuestrar la nave. En el medio del caos, Gintoki se encuentra a un viejo conocido con el que intentarán recuperar la nave.

Gintoki se ve obligado para trabajar en el club de acompañantes de Kabukicho, que está regentado por un travesti. Katsura lo acompaña y luego ambos tienen que salvar al hijo del dueño del lugar de una bestia alienígena.

Para conmemorar el anuncio de una nueva temporada de Gintama, Gintoki y compañía deciden cenar sukiyaki, una cara comida que los japoneses cenan en ocasiones especiales y donde la carne es el ingrediente más codiciado. Tanto Gintoki, como Shinpachi y Kagura piensan en estrategias para hacerse con la preciada carne.

Los Yorozuya están trabajando a tiempo parcial en un minimercado cuando Shinpachi descubre a uno de sus clientes intentando robar. Al acercarse a él para reclamarle, Shinpachi reconoce que es un viejo amigo de la escuela, que ahora se ha convertido en pandillero. Shinpachi intenta que su viejo amigo enderece su rumbo y para ello intentará hacer que abandone la pandilla.

Los Yorozuya se encuentran con Sougo, uno de los Shinsengumi, quien los lleva a recinto clandestino de lucha. Allí conocen al campeón del lugar, hombre que deciden investigar y del que se llevarán una sorpresa.

El asalto del Shinsengumi al recinto clandestino de lucha trajo sus consecuencias. Matsudaira, el jefe de la Policía, es llamado a hablar con las altas esferas, así que atemorizado por lo que pueda pasar va a buscar a Kondo para que lo acompañe al castillo.

Kagura se hace adicta a las compras de productos que se ofrecen por televisión, así que sale a empeñar la espada de madera de Gintoki para obtener más dinero... sin saber que un Amanto coleccionista de espadas iría tras ella. Luego, una cucaracha gigante aparece en la casa de los Yorozuya y estos deben librarse de ella.

Otsuu, la idol que tanto admira Shinpachi, llega a la residencia de los Yorozuya para que la ayuden. Al parecer, hay alguien que la amenaza y que provoca eventos peligrosos cerca de ella. En todo un verdadero raíd investigativo digno de Detective Conan, Gintoki y los demás intentan resolver el misterio.

Gintoki pierde la memoria en un accidente en moto mientras va a comprar la Jump. Kagura y Shinpachi deciden llevarlo de paso por Edo, para intentar que recupere la memoria a medida que se encuentran con sus conocidos.

Tras haber perdido la memoria, Gintoki decide rehacer su vida y empieza a trabajar en una fábrica de juguetes. Yamazaki, uno de los Shinsengumi, se infiltra como espía en la fábrica ya que se sospecha que tiene relación con los rebeldes Jouishishi.

Gintoki recupera la memoria, pero su casa sigue destrozada por culpa de Sakamoto. Para enmendar su error, Sakamoto envía a unos Amanto para que reparen la casa de Gintoki, situación que los Yorozuya aprovecharán para conseguir algo mejor de lo que tenían.

Shinpachi ayuda a una bella chica en el tren. Tras haberse quedado enamorado de ella, Shinpachi recibe una invitación de la misma para ir a una cita... ¿Podrá el cuatro ojos de la serie por fin conocer lo que es el amor?

Como el episodio anterior se extendió demasiado, en este se termina de cerrar la historia con la chica de las orejas de gato. Luego, los Shinsengumi van junto al jefe Matsudaira a vigilar la cita de la hija de este, para intentar que la chica rompa con el delincuente con el que sale.

Los Yorozuya deben ayudar a una compañera de trabajo de Otae. Esta chica llamada Hanako que proviene de Osaka fue engañada por una secta religiosa y perdió todo su dinero.

Gintoki se encuentra con Santa Claus y unos de sus renos, quienes están teniendo una discusión. Gintoki decide ayudarlos a entregar los regalos, aunque parece que Santa solo tiene kendamas para entregarle a los niños. Gintoki luego continúa su recorrida para recorrer la Jump y acabará enfrentándose a un ninja por el último ejemplar.

Para celebrar el invierno, en Kabukicho deciden hacer una competición de estatuas de nieve donde participa todo el vecindario. Podremos ver las estatuas de los Yorozuya, de Hasegawa, de las chicas del bar de Otae y muchas más. Luego, los Yorozuya deben encargarse de cuidar a un pobre anciano senil que en el pasado era un gran artesano de fuegos artificiales.

Los Shinsengumi descubren a Katsura en un procedimiento de rutina. Desesperado por huir, Katsura se encuentra con un mujer que tiene un restaurante de ramen y que decide darle refugio. Mientras se recupera de sus heridas, Katsura irá aprendiendo más y más sobre el pasado de esa mujer.

En la terminal de Edo, un misterioso hombre llega a la Tierra y alerta sobre un alien que anda suelto en el planeta. Por su lado, Kagura es víctima de una estafa telefónica y sale al banco para transferir dinero.

Tras la fría respuesta de Gintoki, Kagura decide irse con su padre y los Yorozuya se separan. Gintoki toma un trabajo a tiempo parcial promocionando una película, mientras Shinpachi va desesperado a la terminal para recuperar a Kagura, cuandoun alien ataca.

Gintoki y Umibozu empiezan a luchar contra el alien gigante para rescatar a Kagura. Por otro lado, Matsudaira aparece y amenaza con disparar cañones al alienígena, poniendo en un apuro a los Yorozuya.

Con la partida de Kagura, las demás chicas de la serie deciden discutir quién será la nueva protagonista de la serie.

Elizabeth es secuestrada. Para poder rescatarla, Katsura y los Yorozuya van a entrenar para ser ninjas con Sa-chan.

Sadaharu aumenta enormemente de tamaño repentinamente y sin explicación alguna. Tras provocar un gran escándalo en la ciudad y aparecer en la TV, sus dueñas originales van a arreglar el problema.

Las sacerdotisas quedan endeudadas tras los destrozos causados por Sadaharu, así que una de ellas decide trabajar en el mismo cabaret de Otae. Pero pronto empiezan a surgir chispas entre ellas y terminan enfrentándose en una competencia donde involucran a Gintoki y Hasegawa.

Un extraño polen está provocando alergias en todos los habitantes de Edo, la causa es la enorme casa que se instaló al lado de los Yorozuya, que está habitada por un temible alienígena.

Una facción de los Jouishishi quiere asesinar a Hijikata. Para lograr tal fin, lo vigilan desde cerca, con la mala suerte de que Hijikata se encuentra con Gintoki adondequiera que va y siempre generan un alboroto. Luego, los Yorozuya se pondrán a jugar a patear la lata con un extraño anciano.

Gintoki y Hasegawa deciden ir al casino de Kabukicho para intentar ganar dinero que alivie sus penas... pero al contrario de lo que deseaban, quedan totalmente secos y sin ropa. En su ayuda aparece un anciano que es conocido en todo el universo por tener una gran suerte para las apuestas... hasta que conoce a estos dos.