Temporada 1

Un comandante de la Marina muere en un avión presidencial. Los agentes del NCIS deciden hacerse cargo de la investigación y obligan a la agente del servicio secreto Kate Todd a ayudar.

Durante un ejercicio de entrenamiento, el paracaídas de un soldado de la Marina no se abre y cae en un auto estacionado. El NCIS va a la escena del crimen y debe decidir si fue una muerte accidental o un asesinato.

Cuando encuentran los cadáveres de un comandante de la Marina y de dos narcotraficantes en la costa, Gibbs se rehúsa a creer que el soldado muerto era corrupto.

El NCIS empieza a investigar cuando encuentran el cadáver de un marino vestido de blanco en el fondo del mar con su espada ceremonial. Descubren que era adicto a un juego de rol como Magos y Guerreros.

Un cazador de ciervos encuentra a un teniente de la Marina que había desaparecido hace diez años. Cuando el NCIS llega a la escena del crimen para investigar, descubre que sus restos han sido momificados.

Un agente del NCIS que solía trabajar para Gibbs le pide ayuda al equipo para investigar un caso en donde los marinos de un portaaviones están muriendo por sobredosis, pero ninguno tiene un historial de drogadicción.

Encuentran un cuerpo descompuesto en un contenedor de ácido en una base naval y Ducky y Abby descubren que la víctima era un submarinista.

El NCIS va a Cuba para investigar la conexión entre un traductor de la Marina y el contrabando en un centro de detención después de que muere repentinamente en su auto mientras regresaba a EE. UU. tras visitar la bahía de Guantánamo.

Cuando la viuda de un marino recibe una llamada de su esposo muerto, el NCIS acepta el caso y debe exhumar el cuerpo para averiguar si era una broma o no.

Tras ser enterrada viva, una mujer sale de su tumba con amnesia y solo recuerda que hay una bomba en un barco de la Marina.

Cuando encuentran en la playa el cadáver de un comandante de la Marina, que era el asesor técnico de un contratista civil que creaba un escáner portátil, el NCIS decide investigar el asesinato con tecnología satelital.

Cuando encuentran una pierna amputada con un tatuaje de marino en un basurero, llaman al NCIS y van a un pequeño pueblo en donde hay una conspiración de asesinato.

El equipo empieza a investigar cuando descubren que un oficial de reclutamiento de la Marina fue asesinado por un francotirador resentido que dejó una pluma blanca.

El equipo investiga un asesinato con la ayuda del alguacil local, Charley, y descubren que mataron de forma similar a un empleado civil de la Marina y a un piloto que pasaba por un divorcio complicado.

Gibbs arriesga su carrera cuando acusan a un excomandante de robar fondos.

Un terrorista tiene como rehenes a Ducky, Gerald y Kate mientras que el resto del equipo investiga cómo entró el terrorista e intentan sacar a todos a salvo.

Cuando encuentran el cuerpo de un marino después de una fiesta ilícita en un club nocturno, el equipo investiga muchas pistas, incluyendo un chantaje y una muerte accidental.

El equipo busca a un exsoldado de la Marina que escapó de prisión para vengarse. Él quiere encontrar al verdadero asesino de su esposa.

Asesinan a un agente del NCIS mientras investigaba un caso y el equipo debe averiguar qué pasó.

Un marino desaparece tras una cita con una periodista. Durante la investigación, descubren que tres antiguos miembros de su equipo están muertos y sospechan que el comandante es un asesino serial.

Cuando encuentran en el bosque el cadáver de un marino que fue asesinado, la investigación los lleva a la milicia local y a un trato de armas que salió mal.

Gibbs y su equipo investigan la muerte de un soldado que ocurrió durante un entrenamiento.

El terrorista que tomó a parte del equipo como rehén regresa con un nuevo plan para atacar al presidente.