Temporada 2

Alex Cresnic y su socio Walters han comprado toda la cosecha de heroína de una nación y la están contrabandeando a Marsella para una venta; el IMF necesita sacarlos de negocios.

El país de Santales vendió una colección de artefactos de oro inca para salvar su economía, los cuales fueron robados por Jack Cole. Los cómplices de Cole son asesinados y el coronel Cardoza de Santales está a cargo de obtener la ubicación de los artefactos de Cole. Sin embargo, Cardoza es un traidor que planea quedarse con los artefactos y dejar a Santales en ruina financiera. El IMF debe recuperar el tesoro y exponer a Cardoza.

Dos científicos y sus esposas han sido secuestrados por el agente enemigo Eric Stavak. Si Stavak no logra capturar a un tercer científico, los otros dos no serán útiles y serán asesinados. Si consigue al tercero, entonces Stavak tendrá la clave para un proyecto de "arma definitiva".

Alfred Belzig, un director de banco en la "Zona Este", toma dinero de aquellos que intentan escapar hacia el Oeste, luego se deshace de ellos y se queda con el dinero. Belzig planea usar los 3 millones de dólares que ha acumulado para apoyar a un nuevo partido nazi.

En el país de Elkabar, el rey Ibn Borca está llevando a cabo un próspero negocio de esclavos con la ayuda del proveedor Karl de Groot. De Groot realiza incursiones en los países vecinos. El equipo de la IMF debe desbaratar los negocios de los dos hombres.

Willy secuestra a la princesa Amara, esposa del hermano del rey, Fasar, quien no sabe nada del tráfico de esclavos de su hermano.

El profesor Bennett es un arqueólogo que se ve envuelto en un golpe de estado por Gomalk, el jefe de la policía de seguridad. El golpe está dirigido contra el presidente Rurich. Bennett fue arrestado accidentalmente e interrogado, lo que le provocó un infarto. El equipo debe rescatar a Bennett y evitar el golpe.

Walter DuBruis es un financiero criminal en África y ha hecho un trato con un falsificador, Rag Tagoor. DuBruis pasará el dinero falso que Tagoor fabrica, arruinando el país pro-occidental de Ghalea. DuBruis está por encima de la ley a menos que haya pruebas sólidas, por lo que la IMF debe sacarlo de circulación.

Taggart, un industrialista, posee una rara estatua robada que Estados Unidos necesita para mantener una relación amistosa con un país extranjero. Él se niega a entregarla y la IMF es enviada para recuperarla.

Un equipo de estafadores marido y mujer, los Hagars, engañan a los ricos para obtener donaciones para la caridad, solo para quedarse con todo el dinero.

Frank Wayne es el jefe del Sindicato, y al poner las ganancias ilícitas de la Mafia en una cuenta bancaria suiza, amenaza con arruinar las reservas de oro de los EE. UU. La IMF debe recuperar los fondos y encarcelar a Wayne.

Rollin, disfrazado de Wayne, ordena la muerte de Jim, quien está interpretando a un investigador federal, sin obtener la aprobación del Consejo del Sindicato.

Nicholai Kurzon, a pesar de haber sido exiliado de su país natal, Veyska, por una junta militar, lidera una rebelión popular. Ha sido capturado por el jefe de seguridad del país, el Coronel Stahl, y posee un microfilm que contiene los líderes de la revolución. El IMF debe rescatar a Kurzon.

El coronel neo-nazi Marcus von Frank está planeando un resurgimiento del Partido con la ayuda de Otto Kelmann, un magnate de municiones. Con la base financiera de Kelmann, von Frank planea convertirse en un segundo Hitler.

David Redding es un fotógrafo y espía que trabaja para el otro bando, quien ha supervisado la infiltración de 150 agentes en los EE. UU. Los agentes aparentemente llevan algún tipo de plaga biológica, y solo Redding conoce el código. El IMF debe conseguirlo de él.

Felicia Vabar, una espía enemiga, ha conseguido una de las dos superposiciones que se enviaban a una reunión entre la OTAN y un pequeño país europeo. Las superposiciones combinadas forman un mapa detallado del sistema de defensa de misiles de la OTAN. Felicia ha reclutado al Capitán Cherno, jefe de la seguridad del país europeo, para conseguirle la segunda superposición. El IMF debe detenerla.

Nicholas Groat, un gran maestro de ajedrez, organiza un equipo que planea robar el oro destinado a la resistencia en un país del bloque del Este, que fue interceptado por las autoridades del país. El IMF debe recuperar el oro de las autoridades y evitar que Groat lo obtenga.

Un plan para devaluar la moneda de EE. UU. fue ocultado en una esmeralda valiosa por un espía estadounidense, y la esmeralda fue inadvertidamente obtenida por Victor Tomar, un traficante de armas internacional.

En España, David Webster, un amigo de Jim, es inculpado por asesinato por su novia. Actuando en nombre personal de Jim, el equipo entra en acción.

Raymond Halder es el dueño de una cadena de clínicas y dirige una red de falsificación de medicamentos. Gant Pharmaceuticals lanzó un medicamento que ayuda contra la enfermedad vascular primaria, pero el medicamento está siendo retirado debido a que Halder inundó el mercado con falsificaciones potencialmente fatales. Gant planea volver a emitir el medicamento y el IMF debe evitar que Halder falsifique la nueva versión.

Durante sus vacaciones y con la intención de encontrarse con Rollin en una cabaña de montaña, Jim hace una parada en un pequeño pueblo. Sin embargo, una joven pareja deja un paquete que contiene una pistola de gas. Al ser descubiertos, un anciano llamado Doc toma a Jim prisionero. El pueblo está poblado enteramente por agentes enemigos y planean matar a un desertor de la Sociedad en Los Ángeles.

Burt Gordon ha creado una nueva versión de Murder, Inc. para el Sindicato. El IMF necesita obtener pruebas de sus acciones.

El exdirector de seguridad interna Stefan Prohosh ha sido degradado a director de un museo. Ha robado una aleación metálica experimental y la ha escondido en una escultura moderna en su museo, con planes de venderla a una potencia extranjera para conseguir su apoyo en su intento de alcanzar el poder. El IMF debe recuperar el metal y detener a Prohosh.

El líder del partido de la libertad de un país, Manuel Delgado, ha sido encarcelado por la dictadura de su país. Cardoza, el asistente de Delgado y su enlace con el exterior, se ha hecho arrestar, pero ahora se cree que es un informante por los demás reclusos. El IMF debe evitar que Cardoza sea asesinado por sus compañeros de prisión y exponer al verdadero informante.

Paul Shipherd, un desertor de los EE. UU., ha sido puesto a cargo de desactivar un sistema de seguridad de un bombardero SAC en el Instituto Vatzia. El IMF debe robar el sistema de seguridad y recuperar a Shipherd.