Temporada 1

Lion-O es elegido por la Espada del Augurio para ser el sucesor del reino de Thundera. Pero su padre, Rey Claudius, desconfía de la elección, pues extraña las actitudes de su hijo, la cual se distraía con tecnologías desconocidas para los gatos. A continuación, Grune regresa al reino, siendo recibido por Claudius. Se hace una fiesta en homenaje al regreso del guerrero y al desaparecido Panthro. Lion-O acaba salvando dos lagartos durante la fiesta.

Al día siguiente de la fiesta, los lagartos invaden Thundera bajo mando de Grune y Mumm-ra, destruyendo el hogar de los felinos. Jaga dirige a Lion-O, Tygra y Cheetara para ir en busca del Libro de los Presagios, la cual podrá ayudarlos a protegerse de Mumm-ra.

Wilykit y Wilykat se unen a Lion-O, Tygra, Cheetara y Snarf, que están en una misión de encontrar el Libro de los Presagios y encuentran en el camino Koinelius Tunar, un capitán en un mar de arena, pero el mismo está obsesionado en venganza contra un villano, tanto como uno de sus visitantes.

Los lagartos están persiguiendo a los gatos, cuando Lion-O tiene la idea de esconderse en árboles de espina, donde conocen a los Petalars, un pueblo que está en una constante demanda. Panthro surge y ayuda a los Thundercats.

Panthro necesita Thundrillium como combustible del Thundertank, y cuenta con "su rey" para poder conseguir lo que sea necesario. Durante la jornada, conocemos la historia de Panthro y Grune.

Los ThunderCats pasan por una serie de trampas para llegar a la Torre de la Justicia y conseguir el Libro de los Presagios, pero Mumm-Ra aparece para impedirlos.

Después de conseguir el libro, el alma de Lion-O entra dentro del mismo y con ello se conoce la historia de los antepasados ​​(entre ellos Leo, tetraavón de Lion-O), de Mumm-ra y de la "ocupación" del Tercer Mundo .

Lion-O y Snarf van en busca de víveres en una villa, pero para conseguir dinero, Lion-O tuvo que participar en una competición. Esto acaba llamando la atención de un famoso duelista y cazador de espadas directo a la Espada Justiceira. Invitado para un duelo Lion-o pierde su arma. Pero no se contenta hasta recuperar su Espada, y cuenta con la ayuda de un tranquilo caminante.

El Thunder Tanque se rompe y los Berbils los ayudan a reparar. A continuación, el Thundercats entran en pelea contra un enemigo de los Berbils.

Descubre que la Piedra del Espirito se encuentra en la aldea del Clan de los Elefantes. Durante la estancia, Lion-O y los Thundercats aprenden con los maestros locales sobre algunas peculiaridades y el rey de los gatos aprende a manejar mejor la Espada Justiceira. Con la ayuda de la misma, es indicado a ir en busca de la piedra que falta en el Bosque de Magi Oar.

Los magos locales ayudan a Lion-O en la búsqueda de la piedra, a condición de ayudar a eliminar a un "villano". La Espada de Justicia acaba mostrando la verdad a Lion-O.

Tygra y Lion-O entran en un portal para el Plano Astral, donde se ubica otra piedra necesaria. Mientras los mismos pelean con sus miedos dentro del otro universo, el local de los elefantes sufre con una invasión. Lion-O acaba teniendo una visión futura que le puede decepcionar.

La pelea, dentro y fuera del Plano Astral se intensifica, principalmente con la llegada de Mumm-ra, que hará de todo para tener las piedras. Y Panthro también hará todo para ayudar a los Thundercats, aunque le cueste la vida. Se descubre que las piedras están en un lugar donde ellos menos pueden imaginar, y que la visión de Lion-O era verdadera (o casi).

Mumm-raa decide contratar dos guerreros sanguinarios para ser generales para fortalecer su ejército.

Al intentar localizar otra piedra con la ayuda del Libro de las Profecías, sufren una emboscada por los nuevos generales de Mumm-Ha y muere. Pero con la ayuda de la piedra del Espirito logra tener otra oportunidad de volver a la vida, pero necesita pasar por desafíos y no puede perder para probar su valor.

Al llegar a su desafío más difícil, personificado por su hermano Tygra, pierde y junto a la oportunidad para volver a la vida y salvar a sus amigos que fueron capturados por Mumm-Ha. Él ofrece su alma y tiene hasta el Puesta de sol para salvar a sus amigos de las garras de Mumm-Ha.

Tygra reencuentra a su verdadero padre que lo abandonó y descubre la verdad sobre su clan y porque él todavía está vivo.

Wileykat y Wileykit son los protagonistas de esta historia, donde muestra la historia de los dos antes de la aventura.

Lion y sus amigos llegan a una ciudad Pacata, donde encuentra un nuevo Thundercat, mientras que Willeykat y Willeykit tratan de recuperar sus objetos robados.

Lion Ahora tiene una Nueva misión salvar a los Gatos Aprisionados en la Torre Oscura.

Lion y su nueva súbita tratan de despistar el ejército de Mumm-raa a través de la cueva, entre una parte y otra se cuenta la historia de la Espada de Mumm-raa.Mumm-raa los encuentra e intenta tomar la espada de Lion.Mumm-raa hace la gata de rehén, Lion cambia la Espada por la gata.

En el camino, Willeykat y Willeykit todavía tratan de recuperar sus objetos.Toki los lleva dentro de una bolsa mágica retirada del plano astral, dentro de ellos descubren otros subordinados de Toki y todo lo que roban. Se revela que toki no es lo que ellos se imaginaban.

Los Thundercats necesitan la ayuda de un vendedor de aceite de serpiente llamado Ponzie para derrotar la última forma monstruosa de Mumm-ra.

Al intentar descubrir la ubicación de la próxima piedra, los ThunderCats cruzan con un hombre loco, Soul Sever, que está tratando de insertar en máquinas las almas de su vieja familia.

El libro de Omens encabeza los Thundercats a una ciudad en el cielo gobernada por pájaros.

Los ThunderCats deben impedir que Mumm-Ra obtenga la Piedra de la Tecnología.