Temporada 2

El equipo de Spider-Man investiga el nuevo escondite del Doctor Octopus, y confisca una caja que contiene varios frascos de fórmula a base de ADN de diferentes animales. El científico de S.H.I.E.L.D., el Dr. Curt Connors (cuyo brazo derecho tuvo que ser amputado después del accidente del Helicarrier) se inyecta con la fórmula que contiene ADN lagarto, y mientras se restaura con éxito el brazo, con el tiempo se convierte en un monstruo reptil irracional.

Electro, un villano con el poder de manipular la electricidad, toma el control de todos los dispositivos eléctricos en Nueva York y causa un apagón masivo (culpando a Spider-Man y su equipo). Sin poder comunicarse con S.H.I.E.L.D., Spider-Man y su equipo tienen que aprender a cooperar entre sí y derrotar Electro sin la ayuda de la tecnología.

Spider-Man y Power Man entran en conflicto con Rhino, un inmenso fuerte rinoceronte con temas de villano, que intenta robar los envíos de productos químicos de Oscorp. En la escuela, Peter y Luke notan que Flash Thompson (que dejó de abusar a Peter) está ahora abusando a un nuevo tímido compañero nerd llamado Alex, pero pronto descubren una conexión impactante de Alex con Rhino y las longitudes irán hasta con el fin de vengarse de Flash.

Ava está siendo atormentada por los recuerdos de su pasado y se esfuerza por mantener el control sobre su amuleto de White Tiger, volviéndose cada vez más agresiva y salvaje durante las sesiones de entrenamiento. Spider-Man intenta encontrar una manera de ayudarla, pero todo el equipo se pone en peligro cuando Kraven, el gran cazador obsesivo que mató al padre de Ava, aparece en Nueva York para reclamar el poder del amuleto para sí mismo.

El Escarabajo ataca el sitio de construcción de la nueva Helicarrier de S.H.I.E.L.D., por lo que Nick Fury ordena a Spider-Man y Hawkeye (miembro de los Vengadores) detenerlo, pero en su búsqueda una explosión daña uno de los lanza telarañas de Spider-Man, haciendo que el fluido de la telaraña se adhiera en el brazo de Hawkeye y dejándolos pegados. Spider-Man y Hawkeye deben aprender a dejar de lado sus diferencias y trabajar juntos para derrotar al Escarabajo.

Doctor Octopus reúne a Rhino, Kraven, Escarabajo, Lagarto y Electro, y atrae a Spider-Man a su laboratorio submarino bajo el río Hudson con el Dr. Connors como cebo. Spider-Man intenta evadir a los seis villanos y escapar de la base para que pueda llamar a su equipo de refuerzo.

Sólo cuando la vida de Spider-Man en Nueva York ha alcanzado un nuevo bajo histórico por J. Jonah Jameson (de una recompensa por desenmascararlo), es invitado por el alcalde de Boston para convertirse en superhéroe residente de la ciudad y la mascota del turismo (mudándose a otra ciudad, sin importarle a Nueva York). No mucho después de eso, sin embargo, Spider-Man tiene que lidiar con la Araña de Acero y un grupo de supervillanos acorazados llamados Boston Terroriers, pero luego las cosas cambian.

Peter contempla decirle a Harry sobre su doble vida como Spider-Man, y advertirle que el Duende Verde podría tenerlo como objetivo. El Duende secuestra a Peter y lo obliga a vincularse con una versión mejorada del simbionte Venom, que él se refiere como Carnage. Cuando Carnage ataca el apartamento de Harry, este toma el control del simbionte, se convierte en Venom y se dispone a acabar con el Duende Verde de una vez por todas.

El equipo de Spider-Man se prepara para albergar una fiesta sorpresa en la casa de Peter. Sin embargo, un intento por parte de Nova para apagar las secretas instalaciones de seguridad de S.H.I.E.L.D. para un poco de intimidad hace que el sistema se vuelva loco, mientras que Spider-Man también tiene que llegar a un acuerdo con el estado de sus compañeros de equipo como compañeros de hogar.

S.H.I.E.L.D. lanza su nueva nave, el Tri-Carrier, que es capaz de dividirse en tres naves separadas para distintas situaciones. En su primera misión, el segmento Astro-Carrier viaja a la luna en respuesta a una señal de socorro por J. Jonah. Jameson que a regañadientes le pide ayuda a Spider-Man para buscar a su hijo desaparecido, John Jameson en la luna. Una vez en la luna, el equipo de Spider-Man busca a John Jameson mientras también tiene que luchar contra el Hombre Lobo.

Spider-Man inventa el aracno-rastreador, un dispositivo de rastreo de alta tecnología que planea huir de villanos y lo actualiza con la tecnología de Industrias Stark sin el permiso de Tony, accidentalmente le da la capacidad de producir múltiples copias de sí mismo. Un descontento científico de Industrias Stark, Michael Tan, utiliza una máquina de su invención para separar sus átomos, y su conciencia toma control de los aracno-rastreadores, creando un enjambre viviente impulsado por el odio hacia Tony Stark.

Mientras buscan a Thor desaparecido en combate, el equipo de Spider-Man se convierten en versiones aparentemente infantiles de sí mismos por uno de los trucos de Loki. Nick Fury coloca al equipo de Spider-Man en la guardería del Tri-Carrier, pero con Thor, que también ha sido reducido, el equipo de Spider-Man debe encontrar una manera de vencer a Loki y la armadura Destructor y volver a su tamaño normal.

Después de ser atacado por un misterioso asesino, Danny es llamado de regreso a K'un-L'un (la antigua ciudad del Himalaya en el que se entrenó en las artes marciales y se convirtió en Puño de Hierro), y Spider-Man lo acompaña. Él tiene que tomar parte en un concurso para determinar al futuro rey de K'un-L'un, pero a medida que el veneno de la hoja del asesino lo ciega temporalmente, Spider-Man tiene que tomar su lugar en el concurso y competir contra un altamente cualificado pero arrogante guerrero conocido como el Escorpión.

Durante un experimento de S.H.I.E.L.D. para domar la furia de Hulk, Mesmero escapa con una venganza, intercambiando las mentes de Spider-Man y Hulk para otro ataque de diversión demente. Este dilema se ve seriamente agravado cuando la Mole, pensando que Hulk (Peter) está en un alboroto, también se une a la contienda.

Acompañados con S.H.I.E.L.D., Spider-Man ayuda a Power Man a descubrir lo que realmente pasó con sus padres. Ellos acaban descubriendo que fueron capturados por Escorpio y el Zodiaco para que puedan producir en masa el suero super soldado que dio a Power Man sus poderes, para su propio uso siniestro.

En una oscura noche, el Lagarto ataca la secundaria Midtown, con Spider-Man, Mary Jane, Harry y Stan el conserje adentro. Sin el apoyo de S.H.I.E.L.D., Spider-Man y Stan (quien comienza a demostrar cualidades ocultas) deben unirse para derrotar al Lagarto. Cuando por accidente hizo que desaparezca los rastros de Connors, volviéndose por completo el Lagarto.

Supervisor roba un archivo digital que contiene las identidades secretas de todos los superhéroes que trabajan con S.H.I.E.L.D., incluidos los de Spider-Man y sus compañeros de equipo. Frustrado por una reciente serie de desgracias y los exigentes horarios de entrenamiento de S.H.I.E.L.D., Spider-Man acompaña a Deadpool (un mercenario distraído que una vez entrenó con la agencia) en su misión de recuperar el archivo, pero pronto comienza a darse cuenta que Deadpool no es un verdadero héroe.

El Duende Verde es aprehendido por el equipo de Spider-Man y encarcelado a bordo del Tri-Carrier. Él deja el simbionte Venom suelto en la nave, y se separa en múltiples simbiontes que toman el control de la tripulación, la creación de un ejército de Venoms. Cuando el Duende se escapa de su celda y con el simbionte original, Spider-Man usa nuevamente la armadura de Araña de Hierro y tiene que formar una alianza incómoda con el Doctor Octopus para crear un suero que convertirá al Duende de vuelta a Norman Osborn.

Spider-Man acompaña a Nova en una aventura espacial para ayudar a sus mentores, los Guardianes de la Galaxia, para salvar la Tierra de Korvac y los Chitauri.

Cuando Arcade planea lanzar misiles nucleares para causar la Tercera Guerra Mundial, Spider-Man hace equipo con el Capitán América y Wolverine en el que terminan en Madland de Arcade que se encuentra en Madripoor.

En la noche de Halloween, el equipo de Spider-Man se encarga de la entrega de la mitad del Ankh de Tekamentep (un antiguo artefacto egipcio) al experto cazador de vámpiros Blade, pero son atacados por una armada de vámpiros enviados por Drácula, quien quiere usar el poder del Ankh para hacerse a sí mismo inmune a las debilidades de los vampiros como la luz solar. Una vez que el Ankh está seguro, Fury envía al equipo y a Blade para recuperar la segunda mitad del almacenamiento en un museo antes que Drácula pueda llegar a ella.

El Hombre de Arena regresa a la ciudad de Nueva York alegando que él ha dado vuelta a una nueva página y quiere convertirse en un héroe, mientras que todos los demás desestima esta nueva revelación de Spider-Man que ve esto como una oportunidad para reformar su antiguo enemigo en hacer el bien a pesar de que su nuevo amigo sigue la lucha de sus formas antagónicas.

Spider-Man forma una inverosímil alianza con un curado Norman Osborn en la armadura Iron Patriot para enfrentar a los Cuatro Terribles, cuando el Doctor Octopus ataca con un ejército de Soldados Arañas.

El Doctor Octopus y el Lagarto irrumpen en la Isla Ryker, una prisión para supervillanos, y liberan a Rhino, Electro, Kraven y Escorpión, equipándolos con armaduras de batalla hechas con tecnología robada de Oscorp. El equipo de Spider-Man y Iron Patriot pelean contra los Seis Siniestros, y mientras Spider-Man está determinado a inyectarle al Lagarto con una nueva formula que lo hará humano otra vez, pero el Doctor Octopus planea convertir a Norman Osborn de nuevo en el Duende Verde. Al final, después de que los Seis Siniestros son derrotados, el Duende se escapa y llevándose al equipo de Spider-Man.

Drácula ha obtenido ambas mitades del Ankh de Tekamentep y tiene bajo control mental a los compañeros de Spider-Man. Con el fin de detenerlo de activar el Ankh antes del amanecer, Spider-Man y Blade unen fuerzas con los Comandos Aulladores de Nick Fury (un grupo de trabajo formado por S.H.I.E.L.D. consistido por varios monstruos heroicos) y viajan al castillo de Drácula para recuperar el Ankh. Sin embargo, las cosas se complicarán aún más.

Después de la pelea con los Seis Siniestros, el Lagarto ha vuelto a ser el Dr. Connors pero Norman Osborn ha sido transformado en el Duende Verde otra vez y ha capturado al equipo de Spider-Man (quienes han sido previamente derrotados por los Seis Siniestros). El Duende Verde ha transformado a sus amigos y planea usar el viejo Helicarrier para esparcir su gas a Nueva York. Pero usando el suero del Dr. Connors, Spider-Man vuelve a la normalidad a su equipo y vencen al Duende Verde, pero el Dr. Connors dice que es imposible curarlo nuevamente. Por su acto de heroísmo, Fury invita a Iron Man, Thor y al Capitán América que le ofrecen a Spider-Man un puesto en Los Vengadores.