Temporada 6

Lois viaja hasta Afganistán por Reese, tras saber de su internamiento en el ejército. Hal queda desempleado después de su juicio.

Lois saca a Dewey de la clase especial, y todos los raros lo extrañan por lo que se escapan escondiéndose en árboles, hasta que él regrese. Hal conoce a un grupo de musculosos, a los que les ayuda con asesoría básica.

Hal recibe toneladas de basura en su jardín después de que él haya molestado al señor de basura, por querer tirar una caja refugiadora de gatos. Craig pone un anuncio de un conserje negro y Lois lo quita porque le parece ofensivo. Dewey tiene el sueño de que va a nevar.

Hal decide festejar el día de Pearl Harbor junto con Dewey, pero su vecino le hace rivalidad, así que Hal tiene una sorpresa para él. Jessica les hace creer a Malcolm y a Reese que uno de los dos es gay.

Kitty, la mamá de Stevie regresa y comenta que vivió la vida loca y llego a ser estrella porno, pero Lois la rechazara. Stevie dará un discurso por ganar un premio pero Reese lo arruinara todo.

Toda la familia le da un regalo de navidad casero a Hal, pero él no tiene un regalo de navidad que darle a su familia, así que los saca a dar varias vueltas por la ciudad para pensar en lo que les va a regalar. Malcolm es el menos popular entre sus hermanos, tratara de arreglarlo, pero Dewey descubre que compró los regalos de navidad con su tarjeta de crédito. Hal logra quitársela e invita a toda la familia a esquiar en nieve.

Hal camina dormido por preocupación a comprarle el regalo de aniversario a su esposa, cosa que Reese aprovechará. Malcom compra una guitarra eléctrica para poder dominarla, sólo para saber que aprendió la tonada de un comercial de televisión.

Lois tiene problemas por el comportamiento de Jamie. Los chicos meten un trampolín para piscina al patio de su casa, y a Reese le trae muchos problemas la razón por la que jamie se porta así es porque reese le daba en el biberón de jamie bebida energética

Malcolm compra un auto usado, al que le dedicara mucho dinero. Reese hace apuestas en el Hipódromo. Lois descubre que Craig tiene una aventura con la esposa del gerente y Hal abre una estética.

Después de que Lois sorprendiera a los muchachos pintando graffiti en una valla publicitaria de lencería, ellos fingen defender los derechos de las mujeres y se vuelve un escándalo, y Lois tratará de jugarles varias trampas para que bajen de ahí. Una artimaña de Lois arruinará sus planes. Mientras, Hal esquiva a una mujer que le reclama una deuda.

Hal se enoja con Lois por haber comprado un colchón nuevo por ser muy grande, mientras Dewey toma ventaja de esto y compone su ópera sobre la pelea que hay entre sus padres.

Por medio de un testamento, Hal se convierte el albacea de un vecino que él casi no conoce y está en sus manos decidir su última voluntad que es desconectarlo o no a éste en el hospital, sin embargo, Hal tiene problemas con su libre albedrío que queda totalmente paralizado. Por otra parte Craig planea enfrentarse con su mayor enemigo: su padre.

Hal y Lois descubren que no tienen tiempo para contarse nada, por lo que Hal y sus hijos les construyen una cabaña tiki. Pero después de pasar tanto tiempo solos ellos dos, Lois le confiesa a Hal que no cree en el cielo, lo que desconcierta a Hal que pensaba que estarían juntos por toda la "eternidad". Malcolm es extorsionado por Herkabe para unirse a un club de adolescentes que realizan obras de beneficencia. A Malcolm le encargan organizar una subasta, donde solo se subastan cosas sin valor, pero él se encarga de hacerla más interesante para demostrar que no es flojo ni egoísta. Reese se convence que Jamie es tonto al igual que él, pero es exactamente todo lo contrario.

Después de salvar a Dewey de ser atropellado por un camión, Ida pierde una pierna. Malcolm y Reese tratan de pegarse la cabeza con un líquido adhesivo súper fuerte. Dewey tiene la conciencia intranquila por no poder hacer nada por la abuela, así que le hace un funeral a su pierna, pero un perro termina comiéndosela.

Dewey invita a Chad a dormir en su casa haciendo que Hal se oponga a que él venga, por otra parte Hal le oculta a Lois el repugnante secreto de que le tomó una foto de ella totalmente desnuda después una noche de fietas en donde Hal estaba totalmente ebrio, pero como Chad tiene la extraña obsesión de "ordenar " las cosas toma un sobre donde está escondida la foto y lo pone en una caja llena de papeles en donde Lois busca la garantía de una licuadora descompuesta. Hal revela su trastorno obsesivo-compulsivo a Dewey.

Francis viene a casa a celebrar su cumpleaños. Hall le tiene que cumplir su promesa de llevarlo a pasear en moto cuando cumpla 21, lo cual Lois no le permite pero lo descubre cuando pasean en la casa y luego se escapan. Lois se pone a beber con Piama. Malcolm Dewey y Reese descubren que randy los busca para golpearlos pero malcolm es el único que termina ileso porque randy buscaba a otro chico.

Reese trabaja con un exterminador de insectos, el cual le da una caja llena de orugas para que las reparta en todos los jardines de su vecindario, pero le da lástima dejarlas, así que las guarda en su casa y Lois tratara de tirarlas a la basura.Al final, las orugas se convierten en mariposas y Reese se trauma con el sonido de sus aleteos, por lo que Dewey aprovechara para jugarle bromas.

Lois visita a Ida, pero sus amigas la obligan a preparar una tarta gigantesca, la cual nunca termina por que no logra prepararla correctamente, provocando que Lois se enoje con su madre. Ida hace su baile tradicional junto con Lois. Malcolm le pide ayuda a Dewey con una obra musical, pero en una riña, provoca que Dewey quede sordo por escuchar música con volumen alto. Dewey se venga de él haciéndole lo mismo.

Hal es obligado a tomar un seminario motivacional en su trabajo, donde a todos los humillan, pero todo cambia cuando se hace el líder. Como historia secundaria, Reese juega con una jauría de perros y se hace el lider.

Malcolm es obligado a usar zancos para poder repartir volantes del Lucky Aide, después de que despidieran a Sam un empleado que últimamente estaba ebrio y usaba anteriormente los zancos, pero éste se vengará de Malcolm armando sus propios zancos y retando a Malcolm en un duelo para poder recuperar su trabajo. Reese empieza a tomar pastillas experimentadas y termina robando un caballo de la policía montada. Dewey descubre que jamie encontró el collar de perlas de lois que francis escondió antes de irse a la militarizada y se alía con él.

La clase de especiales toma de rehén a su profesor cuando amenaza a Chad por morderlo.Dewey no los puede ayudar por estar divirtiéndose con Francis.

Los muchachos inscriben a Lois a un concurso de belleza y Hal empieza a preocuparse por eso. Todas las participantes odian a Lois. Al final gana en primer lugar, mientras que Reese se pone triste por que tenía dotes de persona de 40 años, donde tenía ganas de entrar en el concurso y el juez se lo negó.