Temporada 1

Malcolm es el tercer hijo de Lois y Hal, tiene otros 3 hermanos (Francis, Reese y Dewey) con los que normalmente se suelen meter en muchos problemas. En este episodio se descubre que Malcolm es un niño genio, tiene un coeficiente intelectual (IQ) de 165 por lo cual lo traspasan a una clase avanzada lo cual le trae problemas al ser catalogado como un KrelBoyne (Nerd).

Es el aniversario de boda de Hal y Lois, la cita es en un lujoso restaurant con todos los detalles de una cena inolvidable, excepto por una cosa... Lois encuentra su vestido rojo (por el cual trabajó mucho para comprarselo) completamente quemado y metido en el inodoro, el delito queda impune... ¿Quien será el culpable?

Francis está de nuevo en casa! Debe cuidar a sus hermanos mientras Hal y Lois van a una boda de la familia; al parecer todo es normal pero hay un truco... El regreso de Francis a casa y abandonar la academia militarizada Marlin, dependerá de su comportamiento en esta ausencia de sus padres.

Malcolm golpea a un niño de 7 años, la culpa lo remuerde por haber hecho eso sin saber que era tan solo un niño, busca varias formas para enmendar su culpa... Mientras tanto Hal tala un arbol de su patio y el vecindario se pone furioso por eso, ya que ese arbol cubría su casa y nadie queria verlos.

Malcolm necesita dinero para comprar un juego de robotica por lo que recurre a trabajar de niñera para una familia rica; esto lo lleva a pensar muchas cosas acerca de su familia. Mientras su casa está infestada de termitas y por ello la familia entera tiene que vivir en un remolque, cosa que ocasiona varios problemas y tensiones entre Hal y Lois.

Los Kenarban hacen una pijamada de la noche a la mañana en casa de Stevie, Malcolm tiene que sufrir la vigilancia de los padres hasta que ambos se escapan a jugar videojuegos justo donde roban la silla de Stevie por lo que Malcolm lo tiene que llevar en varias cosas para poder llegar a la casa de Stevie.

Francis escapa de la militarizada para poder ver a su novia Bibi. Accidentalmente, Malcolm se lo dice a su mamá.

La escuela de Malcolm ha preparado un día de campo, todos los alumnos de la clase de avanzados han preparado proyectos para la feria de ciencias y Malcolm tambien está incluido, solo que le molesta tener que hacerlo... Malcolm tratará de sabotear el dia de campo para no tener que enseñar su presentación en público...

Lois es despedida de su trabajo en la tienda de abarrotes después que Dewey se robara una botella de licor de $150 dolares, esto lleva a la familia a una crisis económica... Por esta razón los niños de la escuela creen que la familia de Malcolm es pobre y les dan comida enlatada. Lois enfrentará a su jefe para que le devuelva el trabajo.

Hal lleva a los niños a ver carreras de coches en un día de escuela. Mientras que Lois busca su cheque de pago al mismo tiempo que limpia la casa y encuentra suficientes pruebas para tener a los muchachos castigados de por vida. Por otro lado Francis extravía una serpiente en la academia.

Malcolm trata de evitar ir al funeral de la tía Helen para poder asistir a un concierto con Julie Houlerman, por lo que se le ocurre varios intentos para logra su objetivo mientras que Reese intenta dejar en el ataud de su tía un muñeco roto que se supone que iba ser un regalo para Dewey.

Reese se une a la escuadra de porristas para impresionar a una chica.

Malcolm quiere aprender a andar en patines y le pide a Hal que sea su instructor, pero él tiene sus propios métodos para enseñarle a Malcolm como se debe patinar, sin embargo, Malcolm empieza a cuestionar sus métodos debido a que son muy extraños.

Lois va a la escuela militar para cuidar a Francis, mientras Hal quien sufre de su ausencia empieza a ayudarle a los Kreelboys a hacer un robot pero... todo se sale de control cuando Hal se adueña totalmente del proyecto para sus propias intenciones.

Malcolm y sus hermanos han estado castigados por mas de 2 meses por haber perdido la bicicleta de Dewey en una apuesta, Lois está enferma con influenza y cree que es domingo... Asi que los chicos no van a la escuela y se toman el día libre, a esto reciben una carta de Francis con la noticia que ha hecho una locura en la escuela militarizada, pero los niños se quieren vengar de Francis mostrandole la carta a Lois por que él fue que los delató al apostar la bicicleta de Dewey.

La familia se va al parque acuático excepto Dewey por una infeccion en oidos, por eso tiene que quedarse con una niñera extraña empeñada en estar en silencio. Malcolm y Reese se pelean durante todo el dia mientras Lois y Hal quieren un momento para disfrutar y ellos no los dejan de molestar. En el parque, Reese humilla en público a Malcolm y éste decide vengarse.